Depende
Na minha experiência com o CentOS, é bastante seguro, já que você está usando apenas os repositórios de base do CentOS.
Se você esperar atualizações com falha de vez em quando ... sim ... no mesmo nível em que você deve esperar um disco rígido com falha ou uma CPU com falha de vez em quando. Você nunca pode ter muitos backups. : -)
O melhor de atualizações automáticas é que você é corrigido (e, portanto, mais seguro) mais rápido do que manualmente.
Os patches manuais sempre parecem ser eliminados ou considerados como "baixa prioridade" para muitas outras coisas, por isso, se você for usar o modo manual AGENDAR HORA EM SEU CALENDÁRIO para fazê-lo.
Eu configurei muitas máquinas para fazer auto yum udpates (via cron job) e raramente tive um problema. Na verdade, não me lembro de ter algum problema com os repositórios do BASE. Todos os problemas em que consigo pensar (na minha opinião, na minha experiência) sempre foram uma situação de terceiros.
Dito isto ... eu tenho várias máquinas para as quais eu manualmente faço as atualizações. Coisas como servidores de banco de dados e outros sistemas EXTREMAMENTE críticos Eu gosto de ter uma abordagem "prática".
A maneira que eu pessoalmente descobri foi assim ... Eu penso no cenário "what if" e então tento pensar em quanto tempo levaria para reconstruir ou restaurar a partir de um backup e o que (se houver) estaria perdido.
No caso de vários servidores da web ... ou servidores cujo conteúdo não muda muito ... eu prossigo e faço a atualização automática porque a quantidade de tempo para reconstruir / restaurar é mínima.
No caso de servidores de banco de dados críticos, etc ... eu programo o horário uma vez por semana para examiná-los e corrigi-los manualmente ... porque o tempo gasto para reconstruir / restaurar é mais demorado.
Dependendo de quais servidores você possui em sua rede e de como seu plano de backup / recuperação é implementado, suas decisões podem ser diferentes.
Espero que isso ajude.