Eu tive o mesmo problema - acabamos ficando sem espaço em disco.
Eu tenho uma falha em relação ao IIS 7.5 no Win Server 2008 R2, sempre que tento alterar as ligações do site ou iniciar um pool de aplicativos, recebo o erro abaixo:
Filename: \?\C:\Windows\system32\inetsrv\config\applicationHost.config
Error: Cannot write configuration file
os pools de aplicativos são executados como serviço de rede. Nenhum dos sites em execução foi afetado, mas sua configuração não pode ser alterada
ATUALIZADO em 05/10/2012
Uma reinicialização corrigiu esse problema, mas estou curioso para saber o que causou isso em primeiro lugar.
ATUALIZAÇÃO 09/04/2013 O servidor não está mais em produção.
Eu tive o mesmo problema - acabamos ficando sem espaço em disco.
O App Fabric pode causar um problema como este:
Você teve alguma alteração em sua política de proteção contra vírus recentemente? O arquivo real que não pode ser gravado está em c: \ users \\ AppData \ Local \ Temp \ iisexpress. Pedi à nossa equipe de segurança que reabrisse o acesso a esse diretório, apenas para desenvolvedores e que o consertasse.