Para esclarecer a questão, acredito que isso se relacione com a interface Unity no Ubuntu 11.04. Se os controles da janela forem comutados para a direita da tela, eles funcionarão corretamente quando um aplicativo estiver sendo executado em uma janela. No entanto, se o aplicativo estiver maximizado, os controles da janela serão alternados para o lado esquerdo da tela.
Embora isso possa ser considerado um bug, uma vez que o usuário indicou uma preferência pela localização "normal" (ou seja, histórico) dos controles da janela alterando a configuração do sistema, aparentemente é um recurso projetado, relacionado para posicionar os controles no painel superior.
Veja link onde se afirma que "Quando você maximiza um aplicativo, a janela controla (Fechar, Minimizar , Maximizar) são movidos para o painel para lhe dar mais espaço de trabalho vertical. "