Versão resumida:
Instâncias dedicadas - Você paga pelas instâncias, mas elas são colocadas em qualquer hardware dedicado que a Amazon decidir.
Anfitrião dedicado - Você paga pelo servidor físico inteiro e pode, na verdade, executar instâncias nele como desejar.
Versão longa:
Em ambos os casos, o hardware que somente suas instâncias usarão. No entanto, com hosts dedicados, você tem ainda mais controle do que com instâncias dedicadas. Por exemplo: Solicitar uma instância dedicada m4.large poderia terminar com sua instância em um servidor exatamente do tamanho de uma m4.large, então seria uma máquina antiga de anos atrás. Da próxima vez que você reiniciar essa instância, ela poderá ser reequilibrada em um novo hardware. Talvez você tenha duas instâncias dedicadas que martelam a memória RAM (criando algo), elas podem acabar em duas partes diferentes de hardware ou o mesmo hardware.
Por outro lado, com um hardware dedicado, você paga pelo hardware da mesma maneira que poderia pagar por um servidor alugado em um colo. Você sabe exatamente o que é o hardware, você pode executar instâncias nele da maneira que você escolher. Você pode deixar a sobrecarga ou não. Se você decidir que a instância X é executada em seu hardware dedicado, ela sempre será executada nesse hardware dedicado da maneira que você especificou.