Estou usando o grub4dos para o dual boot XP e XP64. Ambos os sistemas estão em sistemas de arquivos NTFS.
A configuração era simples: copiei a pasta grub4dos para o meu sistema de arquivos NTFS. Renomeou o carregador de inicialização do Windows "ntldr" para fora do caminho e copiou o carregador de inicialização grub4dos "grldr" para "ntldr". Dessa forma, eu ainda estou usando um MBR padrão da Microsoft, o que torna meu scanner de vírus corporativo necessário.
Este método também mantém minhas partições independentes. Eu posso despejar uma partição para uma unidade externa e carregar um sistema operacional diferente em seu lugar. Eu mantenho as imagens Vista32, XP32, Vista64 e XP64 na minha unidade externa. Em cerca de 1,5 horas eu posso carregar qualquer uma dessas imagens em qualquer uma das minhas duas partições de laptop e estar pronto para ir sem se preocupar com as configurações de inicialização.
Editar: mais uma dica. Quando você faz uma instalação do Windows, defina o bit oculto em todas as partições, exceto aquela na qual você está instalando o Windows. O instalador da janela substituirá a seqüência de inicialização na partição inicializável e você perderá a independência da partição.