Primeiro, use install etckeeper, configurado para git em /etc/etckeeper/etckeeper.conf. Siga o método de instalação do etckeeper para sua distro ou da fonte.
Em breve, você terá um /etc/.git
Agora, no servidor, verifique se você tem um repositório (seguro) para enviar para ...
# ssh faruser@farhost
# mkdir somedir cd somedir && git init && chmod 700 .git
# exit
Agora, no host inicial, envie seu repositório local para o servidor via ssh:
# cd /etc && git push faruser@farhost:somedir
O Somedir pode ser relativamente relativo neste caso (seguindo a convenção ssh)
Faça isso sempre que fizer uma alteração que afete o / etc (e seja inserido em /etc/.git pelo etckeeper) e você terá repositórios locais e fora da máquina para a sua máquina.
Ou configure o ssh sem senha e crie um gancho em /etc/etckeeper/commit.d/, de modo que isso acontece automaticamente se a máquina estiver sempre conectada.