Eu posso iniciar o IntelliJ Idea usando a linha de comando, que é um script de shell que inicia um processo java. Em seguida, aparece no lançador, como normal. Eu posso selecionar "Keep in Launcher", mas ele só permanece lá até que eu reinicie, então ele desaparece novamente.
Este é o único aplicativo que eu vi que faz isso - Coisas que já estão no estoque do menu de aplicativos por aí, se eu disser para ficar no lançador.
Também relatado como um bug para o IntelliJ: Dar um nome ao WM_CLASS para permitir uma melhor integração de desktop . Um WM_NAME não é suficiente, porque, por exemplo, o navegador do cromo ou qualquer outro aplicativo também pode ter o "IntelliJ Idea" na barra de títulos.
O Docky tem o mesmo problema com aplicativos Java e suas entradas no dock. Seguir este conselho deve ajudar na Unity: Como personalizar a correspondência de janelas .