Sim, você está certo - Se você especificar esses valores no arquivo de configuração do conjunto php-fpm, ele substituirá os valores "padrão" no arquivo php.ini
config - mas apenas para este conjunto FPM.
Além disso, lembre-se de que algumas diretivas do php podem ser definidas como php_admin_value
e php_admin_flag
, conforme descrito em Documentação PHP (veja a parte inferior da página).