Melhor palpite: você está apenas vinculando as imagens dentro do arquivo PDF e toda vez que você copia uma nova imagem, a antiga é substituída (talvez causada por um gerenciador da área de transferência).
Existem duas maneiras de incluir uma imagem rasterizada no Inkscape: ou vinculá-la (então você precisa do PDF e do arquivo de imagem para ver o documento inteiro) ou incorporá-la (o PDF também conterá os dados da imagem).
Eu salvaria qualquer imagem que você quiser no disco, depois importaria no Inkscape (File > Import ...):
eselecione"incorporar" na caixa de diálogo acima.