Tanto quanto eu sei, não é possível cancelar uma instalação MSI suspensa a partir da linha de comando usando MSIEXEC (não tem parâmetro para isso).
De qualquer forma, você pode tentar executar o seguinte comando:
REG DELETE HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Installer\InProgress
Essa chave é criada quando há uma instalação em andamento. A exclusão deve permitir que você execute novamente a configuração novamente.