O reposync é a única maneira confiável de fazer isso. Você precisará criar um pequeno script bash e usar os parâmetros de reposync (-a) para baixar cada arquitetura em uma pasta separada e, em seguida, executar createrepo para gerar os metadados.
Aqui está um pequeno script que eu tenho (ele está rodando no Ubuntu, mas não importa, você tem a idéia):
cat sync-repos
#!/bin/bash
reposync -n -c /etc/yum/yum.conf -p /repos/centos6 -d -r base -r updates -r extras -r centosplus -r contrib
createrepo -g /repos/centos6/base/repodata/comps.xml /repos/centos6/base
createrepo /repos/centos6/updates
createrepo /repos/centos6/extras
createrepo /repos/centos6/centosplus
reposync -n -c /etc/yum/yum.conf -p /repos -d -r vmware -r home_xtreemfs
createrepo /repos/vmware
createrepo /repos/home_xtreemfs
reposync -n -c /etc/yum/yum.conf -p /repos/vz -d -r openvz-utils -r openvz-kernel-rhel6
createrepo /repos/vz/openvz-utils
createrepo /repos/vz/openvz-kernel-rhel6
reposync -n -c /etc/yum/yum.conf -p /repos/nginx -d -r nginx-stable -r nginx-mainline
createrepo /repos/nginx/nginx-stable
createrepo /repos/nginx/nginx-mainline