Se eu entendi, essencialmente você quer usar o FreeNAS como um NAS e um servidor de diretório. No momento, isso não é possível. O servidor samba incluído no FreeNAS pode usar um servidor LDAP ou Active Directory existente para autenticação, e isso funciona muito bem - usamos essa configuração por algum tempo. Você pode controlar facilmente os usuários e grupos autorizados a acessar um determinado compartilhamento na configuração do CIFS / SMB. No entanto, a menos que escolha a autenticação local e configure as contas de usuário diretamente na caixa FreeNAS, você precisará configurar um servidor AD / LDAP separado para autenticação.
O muito aguardado Samba4, atualmente em status RC, tem uma implementação completa do Active Directory e pode funcionar como um controlador de domínio AD completo. Se você não está limitado ao FreeNAS, você pode configurar um servidor Samba4 no seu GNU / Linux de escolha como servidor de arquivos e diretório.