Uma maneira de fazer isso é ter duas diretivas CustomLog condicionais, controladas por se a variável HTTPS está definida.
CustomLog logs/access.log "https://..." env=HTTPS
CustomLog logs/access.log "http://..." env=!HTTPS
Eu também tentei usar SetEnvIf da seguinte maneira, mas não funciona (registra - ):
SetEnv URL_SCHEME=http
SetEnvIf HTTPS on URL_SCHEME=https
CustomLog logs/access.log "%{URL_SCHEME}e://..."