O problema que você está tendo é que, de forma intermitente, a assinatura da mensagem recebida pelo navegador está errada.
Isso pode acontecer por um grande número de razões. Por exemplo, você pode estar experimentando um bug openssl, uma falha de hardware (RAM ou CPU ruim), algum tipo de coincidência estranha com a sua chave (astronomicamente improvável). Ou, você pode estar experimentando exatamente o que o MAC foi projetado para detectar: alguém pode estar adulterando sua rota de tráfego.
Como o seu certificado é auto-assinado, vá em frente e substitua-o, reinicie o apache e continue, apenas como uma etapa de solução de problemas. Se isso não funcionar, verifique se você está executando a versão mais recente do openssl (ou apenas altere a versão openssl para se divertir). Se você ainda tiver erros de MAC, investigue se você tem uma falha de hardware ou adulteração de rede.
Esta parte do erro é particularmente reveladora:
OpenSSL: error:04067072:rsa routines:RSA_EAY_PUBLIC_DECRYPT:padding check failed
Isso indica que, provavelmente, a mensagem foi modificada a partir da versão que foi assinada e possivelmente truncada.