Os temas do GTK3 são aplicados apenas a aplicativos GTK3. Por exemplo, no Ubuntu 11.10, Nautilus, Gedit, etc. usam o GTK3, mas alguns aplicativos ainda não usam o GTK3 (como Banshee, Pidgin, Firefox e muito mais), então esse tema não é usado para esses aplicativos.
A melhor maneira de contornar isso é usar um tema que vem com as versões GTK2 e GTK3 (aqui estão 4 temas GTK2 + GTK3 como um exemplo). Dessa forma, os aplicativos GTK2 e GTK3 são parecidos (bem, não perfeitos, mas muito próximos, dependendo do tema que você usa).