Usar time.sleep () não é uma boa ideia quando você está usando o gtk. Você poderia tentar usar um evento de timer. (Eu não uso mais rapidamente, mas isso deve funcionar, eu acho.)
from gi.repository import GLib
class Just_for_correct_coding():
self.per = int()
def start(self):
GLib.timeout_add_seconds(1, self.calc)
def calc(self,treeiter):
store=self.builder.get_object('liststore1')
print "Calcing and changing percent,per="+str(self.per)
tore.set_value(treeiter,4,str(int(self.per))+"%")
self.per+=1
return True #important if you want to keep the timer running