Parece que você está falando sobre um script de logon especificado em um GPO, em vez do próprio GPO.
Você pode impedir que o usuário feche o script desativando a política para executar scripts de logon visíveis. Dê uma olhada na Política de Grupo em Configuração do Usuário / Modelos Administrativos / Sistema / Scripts na política "Executar scripts de logon visíveis".
Por padrão, os scripts de login não são exibidos, portanto, é necessário ter um GPO em algum local que defina como visível. Eu tenho certeza que você sabe porque isso foi feito antes de você mudar agora.
Editar: Como @Shane Madden menciona, é possível que a janela que o usuário está fechando possa ser um "Script de Logon Legado" (especificado na guia "Perfil" das propriedades da conta do usuário em "Usuários e Computadores do Active Directory") . Se esse for o caso, consulte a política "Executar scripts de logon herdados ocultos" localizada no mesmo local mencionado acima.