Em geral, você deve fazer o que for mais fácil para você, já que a velocidade de conexão bruta de ambas as tecnologias é bastante semelhante.
Se você já tiver uma rede gigabit configurada, não se preocupe em criar uma nova conexão firewire. Se você não o fizer, talvez (Macs, por exemplo) o Firewire seja mais fácil. Mas tudo depende do seu ambiente e do tipo de software / hardware que você usa.
Mais especificamente, o tempo de transferência absoluto para o seu arquivo depende não apenas do Firewire vs. Ethernet, mas também dos protocolos. Com a Ethernet você usaria normalmente o IP. Mas com TCP ou UDP? O TCP é bom para conexões instáveis, enquanto o UDP tem menos sobrecarga. Mesmo se você decidir pelo TCP, o compartilhamento de arquivos do Windows, apenas como um exemplo, funciona muito bem se você deseja transferir muitos arquivos pequenos, enquanto o FTP é muito bom para transferir menos arquivos, mas maiores.