A menos que você tenha muitos arquivos pequenos sendo gravados / apagados / gravados na unidade, a desfragmentação básica deve ser mais do que suficiente no Windows. Você vai ter outros fatores que possivelmente não podem ser generalizados ... a maioria dos servidores você teria que fatorar em seu controlador RAID, armazenamento em cache, carga, tipo de RAID, etc. para obter desempenho. Sua melhor aposta seria executar um benchmark antes e depois de executar sua desfragmentação para obter números para sua circunstância particular em seu hardware particular.
Se a desfragmentação fizer uma grande diferença no seu desempenho, eu arriscaria a aposta de que você deveria estar olhando para alterar o hardware um pouco.
A maior referência é se o seu servidor está tendo problemas de desempenho e seus usuários percebem. É esse o caso? Em seguida, comece a reduzir a causa para saber se é o subsistema de disco e se é um problema que suas unidades estejam muito lentas, a utilização está errada para sua configuração de RAID etc. ao invés de descobrir se um tipo específico de desfragmentação acelerará o acesso.