O Windows usa um retorno de carrige e um feed de linha para mostrar o final de uma linha em um arquivo de texto. Unix geralmente usa apenas um (acho que um feed de linha). Quando você ftp arquivos como texto, o programa ftp irá converter os finais de linha para você. No modo binário, o arquivo é transferido exatamente como está. Então, se você está transferindo um documento de texto, use ASCII. Qualquer outra coisa e binário é provavelmente sua melhor aposta. Como outros apontaram, a maioria dos editores de texto modernos lidará com os términos de linha de qualquer maneira (o Bloco de Notas não, nem é moderno :)), então o binário é de longe a opção mais segura. Eu também concordo com @njsf, eu não gosto de arquivos sendo alterados pelas minhas costas. Eu tenho editores que são bem capazes de fazer um find e replace para consertar os finais de linha se for necessário.