Agendador do Windows - Quando meu computador é iniciado
Tenho certeza de que você pode usar o Windows Scheduler para executar o arquivo em lotes na inicialização.
Tente isto:
Iniciar > Programas > Acessórios > Ferramentas do sistema > Tarefas agendadas
Selecione a localização do seu arquivo de lote e, na próxima página, selecione "Quando meu computador iniciar".
Você também pode querer movê-lo para algum lugar diferente da pasta de inicialização para evitar "estranheza".
Boa sorte!