Você pode descobrir quais pacotes de software contêm um arquivo (ou diretório) específico usando o comando
dpkg -S /PATH/TO/FILE_OR_DIRECTORY
Isso só funciona para pacotes instalados e somente para arquivos / diretórios contidos no pacote. Ele não reconhece arquivos / diretórios que foram criados pelos scripts de instalação ou mais tarde pelo aplicativo em execução.
Para descobrir se um arquivo está aberto por qualquer aplicativo, você pode usar o comando
lsof /PATH/TO/FILE_OR_DIRECTORY
Nenhuma saída significa que o arquivo não está aberto atualmente por nada. Caso contrário, você obtém uma linha por aplicativo que está atualmente usando o arquivo.
Se os dois comandos não tiverem saídas e, portanto, sugerirem que o arquivo não é necessário, provavelmente você pode excluí-lo com segurança. Não posso garantir que isso não seja necessário para qualquer coisa que você possa querer mais, é claro, mas acho que suas chances são muito boas.
Na verdade, ele não pode ser um arquivo relevante para o sistema, como está em seu diretório pessoal, mas não tem ideia de como ele chegou lá.
O mais seguro é movê-lo para qualquer lugar como backup por mais alguns meses até que você tenha 100% de certeza de que não precisa.