Sua semântica está invertida.
As regras que você postou permitem conexões DNS de saída para um servidor DNS remoto, e não conexões recebidas para um servidor DNS local.
Para permitir conexões ao seu servidor DNS local, inverta as regras INPUT e OUTPUT:
-A INPUT -p udp -m udp --dport 53 -j ACCEPT
-A OUTPUT -p udp -m udp --sport 53 -j ACCEPT
(E, por favor, dedique alguns minutos em algum momento para revisar seu firewall para ser stateful.)