Nenhuma razão para usar vários pools de aplicativos, a menos que você tenha um motivo explícito para separá-los. Caso contrário, é apenas desperdício de memória.
Não deve haver problemas ao executar vários sites no mesmo diretório. Se em algum momento um cliente precisar de uma versão diferente, você poderá migrá-los para um diretório diferente com um código base especializado / config / etc. Se esse for um cenário que pode ocorrer com mais frequência, considere separá-los em sites diferentes frente.