Pode haver várias coisas em ação aqui.
1) Sua carga de IO está aumentando. O que não é mostrado em seus gráficos ou informações fornecidas é como é sua carga de I / O. Seu sistema está gastando mais tempo em IO? As profundidades das suas filas de leitura / gravação estão mudando? Se este é o caso, então eu sugiro que 5400 unidades RPM podem ser muito lentas para suas necessidades. Quanto mais lenta a velocidade do fuso (RPMs), mais tempo leva para a cabeça de leitura localizar um pedaço de dados.
1a) Fragmentação de dados
Isso depende muito das características de carga do IO, mas é possível que o sistema de arquivos tenha se tornado altamente fragmentado, o que significa que demora mais para ler grandes blocos de dados.
2) Trocando o espaço O que está acontecendo com a memória do seu sistema? O sistema está ficando sem memória e agora precisa espionar o arquivo de troca? Se esse for o caso, o sistema em geral provavelmente exibirá lentidão. De qualquer maneira, verifique sua tabela de processos.
3) Possível falha iminente de disco
É possível que você tenha um disco que está começando a falhar. Eu sugiro que você instale as ferramentas de smartmon e dê uma olhada nos dados SMART usando o utilitário smartctl.