cp -r directory_name destination
-R, -r, --recursive copy directories recursively
... ou talvez você queira trocar pastas entre hosts. Então você deve usar o rsync
rsync -vaz --rsh="ssh -l username" ~/bk targetHost:~/test
Como posso duplicar um diretório no meu servidor via ssh?
tar também seria um candidato para este trabalho:
tar cf - . | ssh user@host 'cd /$destination && tar xBf -'
Você pode fazer isso com rsync ou scp, ambos os quais passam por ssh.
scp -rp directory remotehost:/path/to/directory
rsync -azv -e ssh directory/ remotehost:/path/to/directory