Sua suposição está correta. Este seria um slot com apenas quatro pistas PCIe conectadas, mas pode caber uma placa de 16 pistas.
Isso é bastante comum, já que os dispositivos PCIe devem ser capazes de negociar suas conexões e usar uma largura de banda menor (geralmente ao custo de desempenho) quando isso é tudo que é oferecido.
Isso nem sempre é verdade - eu vi algumas placas gráficas e uma controladora RAID no meu tempo que se recusaram a trabalhar em qualquer outra coisa além de sua designação completa (x8). Mas também vi centenas de dispositivos que estavam bem. Portanto, sua milhagem pode variar com sucesso.