A resposta de Joseph faz todo o sentido, mas parece que não funciona.
O atributo 'serverAutoStart' no nó do site em applicationHost.config
não é alterado.
Uma maneira de mudar é:
Set-WebConfigurationProperty -pspath 'MACHINE/WEBROOT/APPHOST' -filter "system.applicationHost/sites/site[@name='Default Web Site']" -name "serverAutoStart" -value "False"
mas isso é um bocado.
Outra maneira é:
Set-ItemProperty "IIS:\Sites\Default Web Site" serverAutoStart False
Também é interessante que este atributo não seja diretamente editável no Gerenciador do IIS, você precisa entrar no Configuration Editor
para alterá-lo.
Sim, iniciar ou interromper o site no Gerenciador do IIS altera esse atributo, mas isso não é óbvio para o usuário.