Este é um bug conhecido no pacote GIMP do Ubuntu, e não parece ser uma maneira fácil de resolvê-lo até que o bug tenha sido corrigido. Eles confirmaram o erro e deram-lhe alta importância, então há esperança!
A causa parece ser:
... Debian e / ou Ubuntu decidiram fazer o GIMP 2.8 pacotes dependem gegl-0.3 em vez de gegl-0.2 veio como uma surpresa para alguns dos desenvolvedores do GIMP.
O bug está confirmado para a última versão estável do GIMP 2.8.20 no Ubuntu 16.04.2 LTS (a partir deste post)
Se você puder descobrir como aplicá-los, há um patch disponível no relatório de erros vinculado acima.