O mesmo problema aqui, para mim, o motivo foi que o arquivo my.cnf foi movido de /etc/my.cnf para /etc/mysql/my.cnf , mas ainda havia um link simbólico "morto" apontando para /etc/my.cnf .
Verifique se /etc/mysql/my.cnf é um link simbólico:
user@machine:~ $ ls -l /etc/mysql/my.cnf
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Jan 11 2011 /etc/mysql/my.cnf -> ../my.cnf
Se for um symlink, verifique se o arquivo de destino existe. Se não, remova o link simbólico e crie /etc/mysql/my.cnf de /etc/mysql/my.cnf.dpkg-new ou algo assim ... se você tiver.
sudo unlink /etc/mysql/my.cnf
sudo mv /etc/mysql/my.cnf.dpkg-new /etc/mysql/my.cnf
P.S: Se o destino do link simbólico estiver existindo, você pode querer verificar dmesg | grep cnf para mensagens de erro do apparmor.