De acordo com as diretrizes de design do AD, há duas coisas a considerar ao projetar sua estrutura: 1) delegação de controle administrativo e 2) políticas de grupo.
Como as políticas de grupo não se aplicam a grupos, basicamente você tem uma - delegação de controle administrativo. Seu modelo B oferece a opção de fazer alguma delegação local de tarefas administrativas em cada escola, o que pode ser algo que você implementará, e é isso que eu teria escolhido.
Já vi exemplos de outros grupos divididos em UOs separadas por tipo de grupo, como grupo de aplicativos, grupo de políticas, grupo de permissões e assim por diante.