Sim.
Bem, você não precisa , como o SvW apontou corretamente, mas você deve . Os programas continuarão sendo executados, mas, dependendo de como estão escritos, existe uma possibilidade teórica de tentar carregar pacotes mais novos e incompatíveis após a atualização.
Editar, para responder a sua pergunta "diferente": Sim - arquivos abertos podem ser excluídos com POSIX, mas isso efetivamente apenas o oculta de outros processos, até que ele possa ser definitivamente excluído quando o identificador aberto for liberado. Algumas informações da C-API disponíveis no SE.SO