Os aplicativos que estão no menu de mensagens têm um arquivo no diretório do sistema de:
/usr/share/indicators/messages/applications/
Esse diretório contém arquivos que possuem os caminhos para os arquivos da área de trabalho para esses aplicativos. Você também pode ter um desses em seu diretório inicial com este caminho:
~/.config/indicators/messages/applications/
Então, digamos que eu queira adicionar o Thunderbird ao meu menu de mensagens. Eu faria algo assim:
$ mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications/
$ echo /usr/share/applications/thunderbird.desktop > ~/.config/indicators/messages/applications/thunderbird
Você precisará reiniciar sua sessão (sair e voltar) na primeira vez que criar o diretório de aplicativos.
Veja um exemplo de uso de uma aplicação python.