Como Takkat disse, você precisará corrigir seu MBR usando as ferramentas do Windows a partir do CD de instalação do Windows. Após o boot do Windows com sucesso, você pode usar o EasyBCD de aqui para adicionar a entrada do Ubuntu no menu de inicialização widnows. Desta forma, você receberá seu Ubuntu de volta. Há um bom tutorial sobre como adicionar a entrada do Wubi Ubuntu ao seu menu de inicialização do Windows em link