Eu tive o mesmo problema - depois que eu mudei o fuso horário do sistema, as entradas de log do cron estavam no fuso horário antigo, mesmo depois de reiniciar o crond. Então eu notei que todas as entradas de log estavam off - mensagens, email e quaisquer outros programas usando syslog.
service rsyslog restart
A primeira coisa que o syslog faz é registrar uma mensagem (naturalmente), então eu pude ver que ela tinha o timestamp correto. Eu reiniciei o crond, só para ter certeza, e suas entradas de log estavam corretas também.