Se você estiver acessando o shell EFI, provavelmente já instalou o Ubuntu no modo EFI. A advertência que achei que o sistema operacional instala bem usando o carregador de inicialização do grub-efi, uma entrada de inicialização EFI para esse carregador de inicialização não é gravada nas variáveis EFI corretamente. Isso significa que o firmware EFI não sabe como carregar o carregador de boot e, portanto, o sistema operacional e entra no shell. Veja se você pode carregar o carregador de boot e o sistema operacional a partir do shell:
fs0:
cd EFI/ubuntu
grubx64.efi
Se isso funcionar, é definitivamente o seu problema (e o meu). Supostamente o efibootmgr instalado e pode configurar isso para você, mas evidentemente é confuso neste release, já que requer efivars e quer que você carregue isso como um módulo do kernel, mas em 12.04 kernels é compilado monoliticamente (significando sempre no kernel e não como um módulo) então ele falha com uma mensagem de erro dizendo "modprobe efivars".