FWIW, nós temos a consistência. Dessa forma nós sabemos que $ hostname sempre tem $ x dígitos, então isso salva uma etapa. E economizar 1 passo em 3.000 máquinas é um caminho longo (cerca de 1,5 milhas, para ser exato).
Claro, vamos dar uma olhada nos dois lados. Os prós? Para mim, foi discutido acima. A consistência do nome do host e algumas pessoas (inclusive eu) gostam de ver linhas e fileiras de nomes de hosts que são todos do mesmo tamanho, já que eu sou responsável pela configuração aqui e todas as máquinas com o exato o mesmo nome é o mesmo exato na minha planilha e tem a mesma configuração exata na vida real. Ah, que alívio.
Os contras? O único em que consigo pensar é que você torna o padding muito pequeno, por exemplo preenchendo 2 zeros e você acaba com mais de 100 hosts. O que você faz? Esqueça isso? Renomeie os primeiros hosts 99 ? Fazer o preenchimento muito grande realmente não tem nenhum dano que eu possa ver, além de ser capaz de usar esse espaço para outra coisa (código do site, código da estação de trabalho, etc.).
Sim, no final depende inteiramente de você, mas acho que os votos nesta resposta darão o consenso geral da comunidade, para cima ou para baixo.