Eu não tenho a reputação de fazer isso como um comentário ... mas como você estava atualizando o kernel, você também atualizou a versão do MySQL? Você pode listar qual MySQL 5.5.X você está executando?
Ironicamente, bugs em algumas das versões mais recentes do MySQL tornaram o desempenho notavelmente pior. eles resolveram resolvê-los, é claro, mas criaram uma audição vermelha significativa para mim ao fazer alterações no meu aplicativo.
"InnoDB: A correção para o Bug # 17699331 causou uma alta taxa de criação e destruição de bloqueio de leitura / gravação que resultou em uma regressão de desempenho. (Bug # 18345645, Bug # 71708)"
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"InnoDB: Uma regressão introduzida pelo Bug # 14329288 resultaria em uma degradação do desempenho quando uma tabela compactada não couber na memória. (Bug # 18124788, Bug # 71436)"
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.. etc
É o mesmo para o 5.5:
"InnoDB: Uma regressão introduzida pelo Bug # 14329288 resultaria em uma degradação do desempenho quando uma tabela compactada não couber na memória. (Bug # 18124788, Bug # 71436)"
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A atualização para um MySQL mais recente retorna a um desempenho razoável?
O MySQL também possui algum código específico do kernel:
"E / S assíncrona não é suportada em tmpfs em algumas versões do kernel Linux. A solução alternativa era desativar a configuração innodb_use_native_aio ou usar um diretório temporário diferente. A correção faz com que o InnoDB desative a configuração innodb_use_native_aio automaticamente se detectar que o diretório de arquivos temporários não suporta E / S assíncronas (Bug # 13593888, Bug # 11765450, Bug # 58421) "
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Então, garanto que você está executando a versão mais recente.
Como um aparte, considere o MySQL 5.6.X (que agora é oficialmente estável e já existe há algum tempo), "Para Linux, o MySQL 5.6 mostra uma melhoria de até 150% na taxa de transferência de TPS sobre o MySQL 5.5"
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