Eu estava tendo exatamente o mesmo problema no meu sistema ext4 e só queria postar minha solução para referência futura. Quando a minha unidade inicialmente preenchida, eu apaguei um monte de logs de / var / log. Isso esclareceu alguns GB, mas em poucos dias fiquei sem espaço novamente, e du -h e "mount --bind / / mnt" não apontaram para o culpado. O que finalmente conseguiu foi quando eu corri lsof.
lsof ... rsyslogd 1766 root 2w REG 9,1 12672375940 264014 /var/log/messages (deleted) ...
Quando eu tinha apagado o arquivo de log de mensagens, o serviço rsyslog ainda o mantinha aberto, mas oculto. A execução de um "touch / var / log / messages; service rsyslog restart" resolveu o problema e meu espaço em disco foi recuperado.
A saída lsof pode ser um pouco avassaladora, especialmente se você tiver um sistema ocupado (com mais de 1000 linhas no meu). Se você grep por "deleted" na saída do lsof, isso deve ajudar a identificar o processo do problema.