Robocopy ou rsync está ok para fazer a cópia (eu uso isso)
Certifique-se de usar a versão mais recente do robocopy.
Você pode encontrar o rsync na coleção cygwin.
Se você tem uma quantidade enorme de dados e uma rede lenta: considere o uso de disco externo, fita, ...
Para as ACLs: você precisa documentar isso (talvez você queira esta análise documentada)
Altamente recomendado: setacl
Esta é uma ferramenta gratuita que você pode obter de helgeklein.com
Você pode fazer um backup dos seus acl's e depois restaurá-los.
De acordo com a documentação, você também pode substituir os ACEs do seu domínio antigo por esses do novo domínio (eu não testei isso)
Eu sugeriria
1. faça um backup do seu ACL (setacl)
2. faça um arquivo compactado (7z é bom para isso)
3. obter seus dados no outro servidor (robocopy, rsync)
4. fazer uma restauração do ACL
5. teste, verifique