Você pode instalar um tema GTK "escuro". Muitos dos mais populares são o Numix, o Delorean Dark, o Ambience Dark, etc.
Meu favorito pessoal é dark escuro e aqui estão as instruções para instalar esse tema:
mkdir ~/.themes
cd ~/.themes
wget http://fc04.deviantart.net/fs70/f/2012/344/0/4/delorean_dark_theme_3_6_g__vs_2_56_by_killhellokitty-d5nnoxt.zip
unzip delorean_dark_theme_3_6_g__vs_2_56_by_killhellokitty-d5nnoxt.zip
Você precisará de uma ferramenta de ajuste, como o unity-tweak-tool e o gnome-tweak-tool, para aplicar o tema.
sudo apt-get update
sudo apt-get install unity-tweak-tool gnome-tweak-tool