A menos que você esteja usando recursos específicos de 5.6 +, então o mariadb é, para todos os efeitos, totalmente compatível.
Ou, como o artigo da wikipedia sobre mariadb é :
MariaDB version numbers follow the MySQL's numbering scheme up to version 5.5. Thus, MariaDB 5.5 offers all of the MySQL 5.5 features
Tenha em mente também que o principal desenvolvedor do mariadb é o Monty - autor original do mysql.
A menos que você esteja preocupado com o suporte para o código que você escreveu especificamente para o mysql 5.6+, então eu não acho que exista uma razão convincente para evitar o mariadb (além do gosto pessoal e possivelmente das opções de suporte).
Se você precisa de recursos 5.6+, sugiro que verifique se suas necessidades específicas são suportadas (e possivelmente, avalie o 'custo' de fazer algumas alterações).
A maioria das coisas que 'requerem' o mysql que eu executei ou instalei, por alguns anos, parecem ser inteiramente felizes em usar o mariadb, e o mariadb tem uma intenção explícita de ser um drop-in para o (agora) Oracle MySQL
Você não menciona as preocupações que você tem sobre a mudança, mas eu sugiro que você pelo menos considere reavaliar seus medos sobre o MariaDB - além de tudo, você pode achar que torna a sua vida mais fácil de usar as opções padrão da sua distro escolhida do que a necessidade de lidar com alternativas de integração.