Uma CA interna é válida somente dentro dos servidores que você possui e o certificado externo é bom em qualquer lugar. Essa é a resposta básica, mas há muito mais a considerar.
Prós
Custo por custo cert é mais barato quanto mais certs você gerar
Revogação - é muito fácil revogar um certificado que você gerou e você pode dar a seus certificados curtos prazos de validade
O acesso a certificados gratuitos geralmente significa maior uso. Geralmente, as pessoas começam a assinar seus e-mails e os administradores pensam em usar o isolamento de domínio e servidor em ambientes mistos
Contras
Requisitos adicionais de segurança - Esta máquina é possivelmente mais importante para proteger do que um controlador de domínio. Este sistema precisa ser completamente endurecido. Se você estiver usando esses certificados para qualquer coisa que seja significativa, você precisa considerar as implicações se esses certificados forem comprometidos
Backup / alta disponibilidade - Nada indica um fim de semana ruim, como ter o RH informando que sua CA agora obsoleta deu a eles um certificado usado para criptografar os arquivos de folha de pagamento e agora não pode descriptografar os arquivos porque o certificado não pode ser validado. Certifique-se de que o backup é feito com frequência e está altamente disponível
Responsabilidade - dependendo do que você quer usar para algum nível C, o executivo pode decidir que todo o dinheiro que gasta em certs da VeriSign é um desperdício, porque eles estão usando muito bem seus certificados. Se seus certs forem comprometidos e for um certificado da VeriSign (e eu simplesmente estiver usando a VeriSign como um espaço reservado para qualquer CA de terceiros), é fácil mostrar que não é sua culpa. Se você é o proprietário da CA ... bem, é possível que sua próxima experiência de TI possa estar executando a caixa registradora computadorizada no restaurante de fast food de sua escolha.
Incapacidade de usar o certificado externo - Não é impossível disponibilizar sua CA publicamente, ninguém confiará em um certificado da sua empresa. Embora isso não seja grande coisa, é um pouco mais sobrecarga para manter duas tarefas de manutenção cert separadas (tempos de expiração, etc.). Você também pode considerar comprar um certificado raiz confiável
Ah, e se você precisar de certificados EV, você está atualizando para o Windows 2008
Embora possa parecer que há mais contras, muitos deles são apenas coisas a ter em consideração, em vez de um verdadeiro indicador negativo.