Edite seu arquivo my.cnf para definir o seguinte na seção [mysqld] (ou a seção que seu MySQLd lê):
default-storage-engine=InnoDB
Após reiniciar o servidor MySQL, o InnoDB deve ser o novo padrão. Para verificar isso, execute a instrução SQL:
SHOW ENGINES;
... A linha InnoDB deve ser indicada como PADRÃO.
Observe que a opção default-storage-engine é apenas um nome alternativo para default-table-type .