Na verdade, estou usando o rsnapshot para backup. Ele não pode fazer backup do próprio db mysql, mas permite executar scripts antes e depois do backup. Então, antes de executar o rsnapshot:
/usr/bin/ssh remote_host 'mysql -N -e "SHOW DATABASES;" | while read db; do mysqldump --skip-comments $db |gzip > ~/db/${db}.sql.gz; done'
todas as configurações do mysql são armazenadas em ~ / .my.cnf e após o backup ser feito, o rsnapshot executa o script para remover o dump no host remoto.
Além disso, o rsnapshot usa hardlinks, quando faz backup, para que você economize espaço e tenha backup completo a qualquer momento.
O Rsnapshot usa o rsync para transferir dados, portanto, é mais seguro do que o ftp.