Pelo menos com versões recentes de ls , você pode adicionar a opção --group-directories-first para obter uma listagem com diretórios acima dos arquivos simples. Seu comando ls provavelmente já está com alias para usar --color=auto , mas se não, você pode adicionar isso (você pode usar --color=always , mas isso pode causar resultados indesejados se você usar o comando em um pipe). Finalmente, -1 faz com que a saída seja apresentada em uma única coluna. Então o comando completo seria
ls -1 --color=auto --group-directories-first