O problema parecia centrar-se principalmente no upload de arquivos para um host por meio de uma sessão segura SSL.
MS diz que foi corrigido a partir do IE7. Mencionado no final deste artigo: link
Se ainda estiver lá na versão mais recente do Apache, eu ficaria do lado da precaução e continuaria lá. O impacto no desempenho do seu servidor e dos clientes do IE não é tão ruim quanto torná-los incapazes de acessar partes do site.