Você pode usar algo como dd if=/dev/hda of=/tmp/path/server.img
e, em seguida, usar qemu-img convert -f raw -O vmdk server.img server.vmdk
de QEmu (substituir vmdk por vpc e a extensão de arquivo por vhd por Xen ou Hyper-V)
Caso contrário, a maioria dos ambientes de virtualização tem ferramentas para fazer o que você quer, isso é apenas uma maneira.