Você precisa manter o nome de usuário no UID e o nome do grupo nos mapeamentos GID em sincronia entre as instalações.
Adicione a partição ao fstab das duas instalações.
Você pode achar que algum aplicativo tem arquivo de configuração em algum lugar em seu diretório inicial, e o pacote atualizado pode fazer alterações na configuração que não são compatíveis com o release anterior usado na outra instalação. Como precaução de segurança, é importante manter bons backups de arquivos.