O Nagios é um sistema de monitoramento e alerta, que possui capacidade gráfica (se você pagar por ele).
O Cacti é um sistema de gráficos, que não possui recursos de alerta (pelo menos há alguns anos, quando eu o usei por último, e não há menção dele no site do Cacti).
Os dois estão relacionados (e frequentemente emparelhados para evitar pagar pela implementação comercial do Nagios), mas eles servem diferentes funções principais: Nagios (sem representação gráfica) olha para o Agora (condição atual e alarmes), o Cacti olha para o longo histórico de termos.